Tudo bem ter um login exigindo que os usuários selecionem primeiro de vários serviços?

1. Todos os usuários precisam de P1 para acesso condicional?
2. Ao autenticar um serviço do Azure para outro, que serviço podemos usar para evitar ter que armazenar credenciais no código?

Todos os usuários precisam de P1 para acesso condicional?

Sim, o requisito é que a licença P1 Premium Azure AD seja aplicada a todos os usuários que usam o recurso. O Azure AD sempre foi licenciado por usuário e isso se aplica a todos os recursos do Azure AD.

Ao autenticar um serviço do Azure para outro, que serviço podemos usar para evitar ter que armazenar credenciais no código?

O MSI fornece ao seu código uma identidade gerenciada automaticamente para autenticação dos serviços do Azure, para que você possa manter as credenciais fora do seu código.